条约一开始明确了葡萄牙的过错，曼努埃尔代表葡萄牙承认阿尔布克尔克对天竺各地的进攻侵犯了大明藩属国的利益，他们被大明击败纯属咎由自取，不管大明怎么处置他们，葡萄牙都愿意接受。
有鉴于此，葡萄牙必须赔偿大明藩属国的损失，合计白银二十万两，由大明帮助古里等藩属国重建被葡萄牙摧毁的城市，抚恤被他们杀死的当地居民。
同时，葡萄牙必须赔偿大明出动大军的军费，承担阿尔布克尔克等俘虏在大明的衣食丧葬等开销，合计六十万两白银。
有鉴于葡萄牙支付能力有限，大明允许葡萄牙先行支付二十万两白银，余下部分用十年时间来偿还这笔赔款，每年的年利率暂定为百分之十，必须在每年的今天把本年度需要偿还的赔款送到满剌加外府。
如若未能如期交付，则必须支付滞纳金，滞纳金暂定为每天百分之一，；要是到期三十天内仍然没有支付赔款，则视为葡萄牙违约，大明有权采取任何手段索取赔款。
葡萄牙应派遣使者前往大明赔礼道歉，以后还要定期参拜大明皇帝。
葡萄牙不得觊觎大明藩属国领土，不得在木骨都束以东建立军事据点，不得挑衅大明及大明藩属国的军队。
大明允许葡萄牙前往满剌加进行贸易，但沿途必须遵守大明及大明藩属国的法律，葡萄牙人要是在大明及大明藩属国境内犯了罪，必须依照当地法律处理，葡萄牙不能有异议，更不能以此为借口发起攻击。
因大明船只远路涉洋，往往有损坏须修补者，葡萄牙应在本土及非洲提供几处地方，以便修船及存守所用物料，大明商人在此与其它人交易，葡萄牙应提供便利，不能干涉。
如果大明人在葡萄牙的领土上发生法律上的纠纷，葡萄牙无权对其审判，需和大明官员商量处置。
八十万两白银的赔偿对葡萄牙人而言可不是小数目，条约中诸多条款也很不公平，但曼努埃尔和葡萄牙的王公大臣们完全无视了这些，他们现在眼睛里只有一行字，那就是允许葡萄牙前往满剌加和大明进行交易！
他们现在已经了解到，大明才是丝绸、瓷器、漆器、天鹅绒等产品的原产地，而大明的藩属国又控制了大部分香料来源，只要能和大明进行贸易，那葡萄牙就算是只做二道贩子，也能成为整个欧洲最富裕的国家！
所以他们就像大明北方草原上那些蛮族首领听说大明恩准同他们互市时一样，毫不犹豫地在合约上签下了自己的名字，并为此欢呼，“祝福大明皇帝陛下，愿大明和葡萄牙友谊长存！”
曼努埃尔在皇宫里举办了前所未有的盛大宴会，来款待向元山、戚景通等人，现在合约已经签订，戚景通他们也可以放松戒备，上岸休整了。
为了招待他们，葡萄牙的贵族们争相腾出自己庄园、城堡，供大明的官兵们住宿，还派了士兵守护他们的安全，而在庄园、城堡外面，到处都是来寻找机会的商人，他们想尽一切办法试图和大明官兵接触，只要能从大明官兵手里换到商品，就能给他们带来数倍的利润。