一时间整个京城人心惶惶，阴云密布。所有人才意识到，废立只是开始，桓温清洗异己进一步立威的行动才刚刚开始。
桓温逼迫新皇司马昱下旨以谋逆之罪诛杀司马晞满门。所有人都以为司马晞父子难逃此劫的时候，意外却出现了。新登基的司马昱并没有按照桓温的意图行事，一向软弱且谨小慎微的司马昱表现出了难得的强硬和坚持。桓温不论如何施压，他都不肯下旨对宗族开刀。最终只同意将司马晞父子废为庶人，贬离京城。
桓温恼怒不已，但他也知道自己不能强行逼迫司马昱按照自己的意志行事。谢安王彪之王坦之等人是不允许他这么做的，而自己也并没有打算和谢安王彪之王坦之他们彻底翻脸。
按照约定，自己的大军依旧被拒之京城城门之外，城中兵马依旧掌握在王谢手中。自己不能彻底激怒他们，不能让他们下定鱼死网破的决心，所以自己不能对司马昱做出什么出格的事。
但桓温知道，王谢诸族对这一切保持沉默，是因为庾氏本就为王谢所弃。而司马氏宗族对王谢而言也不足以成为和自己翻脸的筹码。司马奕都可放弃，何况司马晞父子。更别说殷涓曹秀等人了，那些人本就是庾氏的爪牙。
于是，桓温将怒火发泄到了这些人身上。十一月十七，庾柔庾倩庾蕴以及庾氏直系宗族子弟九人被当众斩首。家产抄没，旁系宗族子弟被抓捕下狱，女眷被尽数驱赶出京。十一月十九，中书舍人刘疆、曹秀两族二十八人被诛。十一月二十一，著作郎殷涓全族被诛。