此时宫墙下面的花剌子模士兵已经不多了，弓箭也所剩无几，蒙古步兵很快就放箭杀死了他们。
蒙古步兵翻入城内，搬开假山，打开城门，蒙古骑兵骑马入宫，对宫内的残军进行剿杀。
窝阔台下令说，宫内的人不分男女老少全部杀死，但是海儿汗必须活捉，不能让他死的那么痛快！
面对蒙古骑兵的猛烈进攻，花剌子模残军也进行了殊死抵抗，无奈此时他们战死的差不多了，已经寡不敌众了。
激烈的战斗又进行了一个时辰，蒙古骑兵攻入内宫，这时内宫的女人纷纷选择了自尽，只剩下海儿汗和他的两名贴身侍卫还在坚持抵抗，几十名蒙古骑兵跳下马来，包围上去，很快杀死两名贴身侍卫。
海儿海还是手持佩刀继续战斗，最终左腿被砍伤，摔倒在地上，被蒙古骑兵结结实实捆绑起来。海儿汗痛苦的喊，阿拉丁摩诃末啊，你为了铲除异己，竟然不顾国家安危！讹答剌城不保，撒马尔罕也会保不住的，你以后的下场比我还要惨！
蒙古骑兵将海儿汗押送到窝阔台面前。
窝阔台下令将海儿汗双手双脚全部钉在木桩上，装进囚车里，准备交由成吉思汗处置。
随后，窝阔台下令对讹答剌城内百姓进行抢劫、屠杀，二十多万百姓全部被杀死，其中很多妇女被蒙古士兵奸淫后又被残忍杀死。
蒙古大军一边进行屠杀、奸淫、抢劫，一边进行休整，直到二月初，经过清点，城内百姓已经全被杀光、粮食物资全部被抢光，窝阔台才下令全军向撒马尔罕进发。