此时驻扎克孜尔库姆沙漠的蒙古骑兵仅八万余人马，攻城步兵和重兵器车兵五万余人，后勤步兵七万余人。另外在攻打花剌子模中部、东部、北部地区时，蒙古大军也收降了十万余降兵，但后来死的死、逃的逃，已不足万人。
原本计划四月初就准备攻打撒马尔罕的成吉思汗，只得改变作战计划。
成吉思汗首先亲笔拟诏，通过三十里一处的驿站发往大蒙古国汗庭，让哈萨尔从预备军中征召两万骑兵，并立即送至撒马尔罕前线。
成吉思汗又写了两道诏书，一道发给中原地区的木华黎，请他派会制造火药火炮的技师到虎耳朵指导耶律不花研发、制造火药火炮。一道发给驻守于虎耳朵的耶律不花，请他派人在木华黎所派技师的指导下就近研发、制造火药火炮，制好以后马上送至撒马尔罕。
成吉思汗又派人分别返回花剌子模中部、东部、西部地区，到被征服的城池去征集士兵，征到的新兵全部编入攻城步兵，原来的一些攻城步兵则选择年龄大的编入后勤步兵。
郭宝玉对成吉思汗说，臣在忽毡城前的锡尔河和花剌子模大将军帖木儿蔑里交战时，见其将铁甲盖于船上，成为“铁甲战船”，能起到很好的防御作用，因此臣想，我们的后勤部队押运大量的马车走在队伍，现在我军深入敌境，万一偷袭敌军偷袭我军后勤部队，一旦断我粮草，我军就十分危险，因此臣建议，可为我们的后勤马车也批上一层铁甲，这样不但可以起到防御作用，后勤步兵还可以藏在马车后面，对敌军进行阻击。
成吉思汗说，你这个建议很好，我即刻命令失吉忽秃忽派人到附近城池收集铁皮，打造我们的“铁甲战车”。
成吉思汗同时命令博尔术带着工匠万人队制造更多的重兵器车，并修补已经破损的重兵器车。