拖雷恶狠狠的对摩子儿穆勒克等人说，既然你们不执行我的命令，那就不要怪我无情了，来人啊！把这个伪苏丹和他的大臣，全部杀死！
那些官员叫苦连天，纷纷说，这个阿思那不花害苦我们了，他如果出城投降，我们也不至于全部被杀死。
摩子儿穆勒克回头训斥他们说，哭什么哭！就是死，也要拿出花剌子模勇士的样子来！是我一时糊涂，带着你们投降。我现在才知道，不管降与不降，都会被蒙古人杀死的。阿思那不花做的对！我相信只要有他在，就算马鲁城被攻破，也会重创他们蒙古人的！
上千名蒙古骑兵包围上来，对摩子儿穆勒克等一百余人进行屠杀。摩子儿穆勒克等人手无寸铁，很快被全部杀死。
随后拖雷命令全军向马鲁城发起总攻。无数的火箭、石块被抛掷到马鲁城上，马鲁城守军死伤无数。
这样攻击了三天，拖雷即命令攻城步兵通过攻城云梯攻上城墙。阿思那不花则率领剩下的守军拼死抵抗。
战斗又持续了三天三夜，马鲁城守军终于无法抵挡蒙古军队的猛烈进攻，全军溃败，只剩下阿思那不花带领几千守军还在顽强抵抗。
经过一番血战，蒙古士兵杀光了城墙上的守军，阿思那不花身中数刀，挥刀自刎了。蒙古军队全面占领城墙。
次日凌晨，蒙古骑兵进入城内，又用了三天三夜，把城内残军和百姓全部驱赶出来，赶到郊外一片荒漠中。
蒙古骑兵把男子和女人分开，先把男子全部杀死，然后又把女人全部杀死，这当中有很多年轻漂亮的女人被蒙古骑兵先奸淫后杀死。
然后蒙古骑兵进入城内，搜捕剿杀藏匿的城内军民，并抢掠所有的金银珠宝和粮食物资。
屠杀结束后，拖雷偏军在马鲁城城墙上安营扎寨，一边制造、修补重兵器车，一边派出若干支小部队到附近城池征集士兵补充兵力。