成吉思汗考虑到花剌子模南部地区战事还未完全稳定，花剌子模残军和印度军队仍然驻守申河南岸，危险尚未完全解除，于是决定在毡的城设立行宫，指挥全局战事。
成吉思汗命令兀鲁兀台的第九万人队东进，驻扎于讹答剌城，协助察合台负责原花剌子模东部地区、现察合台汗国辖区的防务；命令纳图尔的第四万人队西进，抵达玉龙杰赤，协助术赤负责原花剌子模西部地区、现术赤汗国东部地区的防务。成吉思汗则在博尔术、耶律楚才的协助下，率领博栾台的第三万人队、郭宝玉的第六万人队、窝阔台的第十万人队共计三万骑兵，以及一万步兵，驻扎于毡的城。这一万步兵主要是后勤步兵，是成吉思汗从原金国中部地区、原西方三国、原西辽等地带来的老兵，都是百战余生，对成吉思汗忠心耿耿。成吉思汗对他们也很厚待，给他们每人都配有战马，帮助蒙古大军主力押运粮食物资。
成吉思汗率领蒙古大军主力驻守毡的城，不仅是协助术赤防卫术赤汗国东部地区，而是以此为据点，负责整个原花剌子模地区的防务。
在毡的城驻守的日子里，成吉思汗和原来没有战事的时期生活状态有所不同。每天凌晨卯时初刻，成吉思汗起来以后，吃了面饼、喝了马奶，即亲自指挥三万骑兵进行训练。
成吉思汗听从邱处机的建议，不再大规模围猎，即使士兵们想通过狩猎改善伙食，他也不再参与。
成吉思汗的训练方式，主要是到毡的城周围的城池进行拉练，近则一二百里，远三四百里，有叛乱则镇压叛乱，无叛乱则展示兵威。