不过在新赛季当中，姆巴佩却表现出了更好的状态，并且在欧冠联赛当中他也是拿出了一份非常合格的答桉。
2017年2月21日在欧洲冠军联赛八分之一决赛首回合摩纳哥客场对阵曼彻斯特城足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球，最终摩纳哥客场以三比五的比分不敌曼城。
3月15日在欧洲冠军联赛八分之一决赛次回合摩纳哥主场对阵曼城的比赛中，姆巴佩又打入一粒进球，最终帮助摩纳哥以三比一的比分战胜曼城，从而以总比分六比六且客场进球数多的战绩晋级欧冠四分之一决赛。
4月13日在欧冠联赛四分之一决赛首回合摩纳哥客场对阵德国多特蒙德足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入两粒进球，最终帮助摩纳哥以三比尔的比分战胜的特蒙德。
4月19日在欧冠联赛四分之一决赛次回合摩纳哥主场对阵多特蒙德的比赛中，姆巴佩在比赛第三分钟就打入一粒进球，最终帮助摩纳哥以三比一战胜多特蒙德，从而以总比分六比三的成绩晋级欧冠半决赛。
5月9日在欧冠联赛半决赛次回合摩纳哥客场对阵尤文图斯足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球，最终摩纳哥客场以一比二的比分不敌尤文图斯，以总比分一比四的战绩止步欧冠半决赛。
5月16日姆巴佩获得2016-2017赛季法甲年度最佳新人称号。5月18日在法甲联赛第三十一轮补赛摩纳哥对阵圣埃蒂安足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球，帮助摩纳哥以二比零的比分战胜圣埃蒂安并提前一轮获得2016-2017赛季法甲联赛冠军。