至于剩下的一百多万人如何处置，成吉思汗对伊斯兰教撒马尔罕教长说，我可以遵守承诺，不杀死这些百姓，但是你们必须给我们一些补偿，就象征性给二十万两黄金吧。
教长忧虑的说，成吉思汗，您的士兵把国库都搜空了，把城内百姓家中的财产也搜刮一空，我确实找不到这么多钱来补偿蒙古大军啊。
成吉思汗不悦的说，二十万黄金对我们大蒙古国来说根本不算什么，但是撒马尔罕百姓毕竟协助守军抵挡蒙古大军那么多天，如果不略加惩罚，何以服众？
教长说，那请成吉思汗给我一年的时间，我带领教徒和百姓到附近山里寻找金矿，挖掘提炼后，一定凑齐二十万黄金上交蒙古大军。
至此，阿拉丁摩诃末苏丹和他的文武大臣，精心准备了半年的撒马尔罕保卫战，就这样不到八天就失败了。撒马尔罕几乎化为一片灰烬，城内原有包括正规军、预备军大约二百万人口，仅十余天就有超过一百万人死亡，其中有被杀死的、有被烧死的、有自杀的，还有被赶出城外被饿死冻死的。整个撒马尔罕熊熊大火，尸横遍野、惨不忍睹。而撒马尔罕百姓辛辛苦苦积攒的三年粮食，也全部被蒙古大军抢光。
成吉思汗命令全军全部退出城外后，才把撒马尔罕百姓放入城内，让他们自己去灭火打扫、掩埋尸骨。蒙古大军则在城外驻扎休整。
三日后，成吉思汗又组建了一支术赤偏军，任命术赤为主将、察合台为副将，率领三万骑兵、一万攻城步兵和重兵器车兵、一万后勤步兵，前去攻打花剌子模旧都玉龙杰赤。
成吉思汗自己则率十余万人马驻扎于撒马尔罕周围，并以此为中心，到附近已经征服的城池去建立政权、补充兵力、发展经济、维护治安。